Según sus méritos, tanto académicos como en la institución; su antigüedad y habilidades, los miembros del PDMU están organizados de manera jerárquica, en una estructura piramidal, equiparable al escalafón militar, con fuertes vínculos comunicativos y de cooperación tanto en la dimensión horizontal como en la vertical. Los nombramientos emanados de esta ordenación jerárquica son reconocidos por cualquier otro pentathleta, independientemente del batallón o unidad a que pertenezca, y en ciertos actos (como los protocolarios), incluso por otras instituciones, incluidas las fuerzas armadas regulares.
A continuación se presentan las equivalencias de los grados del Pentathlón con los del Ejército Mexicano. Cabe aclarar que, por su naturaleza, los grados de Generales son incompatibles con una institución civil --como es el PDMU--, sin embargo, por sus funciones, el cargo de Jefe Nacional podría comparársele
Jefes
Jefe Nacional (Comandante General)
Primer Comandante (equiparable a coronel)
Segundo Comandante (equiparable a teniente coronel)
XXXVII.-Si tus ancestros te legaron tradición de gloria y honra, deber tuyo es corresponder en demasía a que ni una ni otra se acabe y se manche; empero si te legaron miseria y ruina, deber tuyo es realizar lo que ellos no pudieron, más la parte que a ti te corresponde.Punto No.7 del Ideario Pentathlónico
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